興源寺位于庫倫旗中街以北，是錫勒圖庫倫主廟。始建于清代順治六年（1649年），竣工于順治七年（1650年），順治皇帝賜額"興源寺"。后于康熙四十九年（1710年）在其左右增建廂殿一座。康熙五十八年（1719年），進行一次大規(guī)模的擴建。在原正殿的前面，沿著中軸線修建面闊九間，進深九間，通稱"九九八十一間"的正殿、天王殿和山門殿。兩側(cè)又對稱地修建配殿和鐘鼓樓。這次擴建和增建，用六年時間才告竣工。其后歷任札薩克達喇嘛屢有修茸，但只是局部和小規(guī)模的。清光緒二十五年（1899年），進行較大規(guī)模的改建和增建，主要是重建正殿。在建筑結(jié)構(gòu)上采取漢藏結(jié)合式，為二層建筑。并在興源寺和與興源寺相鄰的象教寺（建于1670年）四周筑起高大的圍墻，使興源寺和象教寺連成一片，形成占面積2.5萬平方米，規(guī)模宏大的建筑群。工程歷時三年，到光緒二十七年（1901年）竣工。

　　興源寺沒有轉(zhuǎn)世活佛或呼比勒罕。為首的喇嘛稱錫勒圖庫倫旗的掌印札薩克達喇嘛。缺出一向由清朝理藩院補放。1931年3月19日，國民黨南京政府頒布《錫勒圖庫倫旗政教分治辦法》之后，掌印札薩克達喇嘛一缺為二缺，即行政和宗教各一缺。前者稱札薩克，后者稱興源寺錫勒圖喇嘛。

　　興源寺札薩克達喇嘛大都來自青海省樂都縣碾伯地方的薩木魯家族，為藏族。到1931年3月，共傳二十三任。其中第三任、第二十二任、第二十三任不屬于薩木魯家族。第二十三任羅布桑林沁為庫倫旗蒙古族喇嘛，在政教分治之際后還俗而改任旗札薩克，到1947年土改運動開始為止，只相傳三任。政教合一時，札薩克達喇嘛之下設(shè)札薩克、德木齊，格斯貴各四缺，輔佐管理全旗政教事務(wù)。分治后，錫勒圖喇嘛之下只設(shè)德木齊、格斯貴各二缺，協(xié)助錫勒圖喇嘛管理宗教事務(wù)。興源寺常住喇嘛135名。

　　興源寺每年舉行盛大的法會4次，屆時全旗大小喇嘛全部參加。正月和六月的十四、十五兩天為跳鬼會，每隔三年即逢牛、蛇、雞年舉行一次"喇嘛"法會。這是規(guī)模尤為盛大的法會�；I備工作提前兩個月開始，主要是制成"喇嘛丸"。法會從七月初五至初七，用3天時間整修座位，從初八正式開始至十四日，共7晝夜。期間，凡參加誦經(jīng)的喇嘛必須持齋，不得走出寺院外圍石子擺成的界線。每逢嘛呢法會，興源寺內(nèi)外香客云集，當街貨攤擺得琳瑯滿目，熱鬧異常。

　　中華人民共和國成立后，興源寺一度成為庫倫旗黨政機關(guān)辦公的地方。寺內(nèi)的佛教、經(jīng)冊在土地改革中被毀掉。"文化大革命"中興源寺遭到嚴重的破壞，只存正殿完好無損。1986年，庫倫旗人民政府對興源寺進行維修，使這座古寺面目一新。