2008年7月7日－10日，國家級自然保護區(qū)管理評估組受國家環(huán)境保護部的委派，先后來到九段沙濕地國家級自然保護區(qū)和崇明東灘鳥類國家級自然保護區(qū)，就保護區(qū)的管理工作進行評估。

　　本次評估工作是按照環(huán)境保護部、國土資源部、水利部、農業(yè)部、國家林業(yè)局、中國科學院、國家海洋局聯(lián)合下發(fā)的《關于開展國家級自然保護區(qū)管理評估工作的通知》（環(huán)辦[2008]19號）的要求，采取實地考察、資料和文件查閱、聽取自評估報告、與相關利益者座談、討論評議、評估打分、最終評定管理水平等級的評估方式進行的。

　　7月7日，評估組聽取了九段沙保護區(qū)管理署的工作匯報，實地檢查了九段沙濕地的現(xiàn)狀，并檢查了保護區(qū)成立以來的相關資料、文檔和文件；7月8日評估組與保護區(qū)周邊社區(qū)及本保護區(qū)工作人員進行了座談；經(jīng)過評估，九段沙濕地國家級自然保護區(qū)的評估得分為87分，管理水平等級為“優(yōu)”。7月9日，評估組實地檢查了崇明東灘鳥類國家級自然保護區(qū)管理處辦公樓、捕魚港管護站、白港管護站、團結沙管護站、北八滧管護站及北八滧環(huán)境教育中心等基礎設施，聽取了保護區(qū)管理處的匯報，查閱了保護區(qū)管理處的檔案；7月10日，評估組與崇明水務局堤防站、上實公司、陳家鎮(zhèn)政府、崇明東灘濕地保護區(qū)派出所、邊防武警崇明東灘派出所及保護區(qū)管理處職工代表進行了座談，經(jīng)過評估，崇明東灘鳥類國家級自然保護區(qū)的評估得分為89分，管理水平等級為“優(yōu)”。

　　評估組認為，九段沙濕地國家級自然保護區(qū)和崇明東灘鳥類國家級自然保護區(qū)的管理工作已得到了各級政府和有關部門的高度重視，上海市人民政府先后頒布和實施了《上海市崇明東灘鳥類自然保護區(qū)管理辦法》和《上海市九段沙濕地自然保護區(qū)管理辦法》，將保護區(qū)保護管理工作納入了依法管理的軌道；保護區(qū)管理機構基本健全，人員配置比較合理，運行經(jīng)費保障程度高；保護區(qū)管理工作規(guī)范，保護成效顯著，已經(jīng)成為了具有自身特點的示范保護區(qū)。

　　同時，評估組也指出，上海市國家級自然保護區(qū)管理仍然存在以下問題：

　　1、外來物種――互花米草對崇明東灘和九段沙濕地生態(tài)系統(tǒng)的健康及生物多樣性已造成威脅。

　　2、《上海市崇明東灘鳥類自然保護區(qū)管理辦法》和《上海市九段沙濕地自然保護區(qū)管理辦法》的部分規(guī)定已不適于保護區(qū)的現(xiàn)狀，給保護區(qū)的依法管理帶來了困難。

　　3、九段沙自然保護區(qū)管理署的機構設置不夠完善，給保護區(qū)有效開展對外協(xié)調和交流帶來了很大的難度。

　　4、保護與開發(fā)的矛盾依然存在。如人類活動對崇明東灘自然保護區(qū)周邊環(huán)境的壓力日益增大，對保護區(qū)的主要保護對象存在一定的影響。

　　5、保護區(qū)的基礎設施和能力建設方面尚有一定差距。比如崇明東灘保護區(qū)管理處的辦公用房目前還是租用其他單位的，這不利于保護區(qū)總體規(guī)劃實施及功能性設施建設。